
直訳は「本を料理する」。
ここでのBooks は「帳簿・会計簿」の意味で、「帳簿を料理する=帳簿をいじくる」と言った意味となります。
The former secretary has been cooking the books for years and the company has lost a lot of money.
元秘書は何年も帳簿をごまかし、会社は多くの損害を出した。
ちなみに「keep the books 」となると、「帳簿をつける」とか「会計簿をつける」といった意味となります。