「call」 は「電話」「呼ぶ」という意味がの他に「判断」「選択」「決定」という意味があります。
It’s your call で「あなたの選択/決定/判断」という意味で、物事を決める決定権があることを意味します。
A: Do you think we postpone traveling to Japan?
B: It’s your call.
A: 日本旅行は延期する?
B: 決めていいよ。